Em 1738, o Papa Clemente XII publicou uma bula papal sancionando a maçonaria e os maçons.

Seguindo seu exemplo de Roma, Filipe V proibiu a maçonaria na Espanha em 1740, emitindo um decreto que aqueles considerados maçons seriam condenados às galés.

Portugal seguiu o mesmo caminho com uma proibição semelhante, embora uma loja maçônica inglesa tivesse sido estabelecida em Lisboa em 1735 por mercadores britânicos que gozavam da proteção implícita da Marinha Real:

Eles escrevem de Lisboa que, por Autoridade do Muito Honorável Conde de Weymouth, então Grão-Mestre de todas as Lojas Maçons, Sr. George Gordon, Matemático, constituiu uma Loja de Maçons livres e aceitos naquela cidade; e que muitos comerciantes da fábrica, e outras pessoas de destaque, foram recebidos e regularmente se tornaram maçons livres; que Lord George Graham, Lord Forrester e muitos outros cavalheiros pertencentes à Frota Inglesa, sendo Irmãos, estiveram presentes na constituição da loja; e espera-se que em pouco tempo seja um dos maiores no exterior.

Em 1741, John Coustos, negociante de diamantes, membro da loja huguenote da Prince Eugene’s Head Coffee House na St Alban’s Street, Londres, e fundador da Villeroy-Coustos Lodge em Paris, estabeleceu uma loja em Lisboa. Pouco depois, foi traído à Inquisição e acusado de heresia. Preso e torturado, Coustos afirmou desconhecer que a maçonaria havia sido proibida em Portugal e, de qualquer forma, que a loja se reunia em ‘casas particulares de amigos escolhidos’ e não em público.

Apesar de seus protestos, Coustos foi considerado culpado e condenado a cinco anos nas galés.

Mesmo assim, Coustos conseguiu enviar uma mensagem a John Barbut, seu cunhado, um funcionário governamental bem colocado em Londres, e pressão diplomática britânica foi exercida para garantir a libertação de Coustos:

O Conde de Harrington foi tão gentil a ponto de tentar conquistar minha liberdade [e] falou com Sua Graça, o Duque de Newcastle… com o objetivo de pedir permissão ao nosso soberano para que seu ministro em Lisboa pudesse exigir que eu fosse súdito da Grã-Bretanha. Sua Majestade intervindo a meu favor e suas ordens sendo enviadas ao Sr. Compton, ministro britânico em Lisboa, esse cavalheiro exigiu minha liberdade ao rei de Portugal, em nome de Sua Majestade Britânica, que assim obtive no final de outubro de 1744.

O Conde de Harrington era Secretário de Estado do Departamento do Norte; o Duque de Newcastle, Secretário de Estado do Departamento Sul e responsável pelas relações diplomáticas com Portugal. Harrington era maçom, assim como seu irmão, Charles Stanhope, e seu primo, Lord Chesterfield, assim como Newcastle.

Após seu retorno à Inglaterra, Coustos escreveu Sofrimentos, expondo sua experiência nas mãos da Inquisição e contendo ‘Placas de Cobre descritivas das Torturas que sofreu‘. Publicado em 1746 e dedicado a Harrington e Newcastle, o livro foi editado antes da publicação, provavelmente a pedido de Newcastle, incluindo material anticatólico adicional para que pudesse cumprir um papel propagandístico após a Revolta Jacobita de 1745.

As Lojas Maçônicas Inglesas em Portugal foram seguidas pelas Lojas Irlandesas e Francesas.

Mas a maçonaria doméstica portuguesa só começou no século XIX. Em 1802, em acordo com o Grande Oriente da França, um Grande Oriente Lusitano foi formado e reconhecido logo depois pela Grande Loja dos Antigos, na Inglaterra. Continua sendo reconhecida pelo Grande Oriente da França e faz parte de uma tradição maçônica da Europa continental que invoca a liberdade de consciência.

Uma segunda Grande Loja Portuguesa, a Grande Loja Legal de Portugal, foi fundada em 1991 e é reconhecida pela Grande Loja Unida da Inglaterra, pelas Grandes Lojas da Irlanda e da Escócia, e outras grandes lojas anglo-saxãs. Lojas maçônicas inglesas também estão presentes em Portugal, operando sob supervisão direta da UGLE.